در سال ??? ه. ق. به دستور شاه اسماعيل صفوي، بهسازي گسترده اي بر آرامگاه شاهچراغ انجام گرفت. ?? سال بعد بر اثر زلزله سال ??? ه. ق. نيمي از گنبد آرامگاه ويران شد كه دوباره در سالهاي بعد بازسازي گرديد. در سال ???? ه. ق. نادرشاه افشار بهسازي گسترده اي بر آرامگاه شاهچراغ انجام داد و به دستور او قنديل بزرگي در زير سقف و گنبد آويزان كردند. نادرشاه پيش از گرفتن شيراز و غلبه بر افغان ها، پيمان بسته بود كه اگر در جنگ پيروز شود، بهسازي شايسته اي بر اين بقعه انجام دهد. بنابراين پس از پيروزي بر افغان‌ها و تسلط شيراز، ???? تومان پول آن زمان را صرف بهسازي شاه چراغ كرد. قنديل او ??? مثقال وزن داشته كه از طلاي ناب و زنجير نقره اي ساخته بوده اند. اين قنديل تا سال ???? ه. ق. همچنان آويزان بود. در زلزله سال ???? ه. ق. بنابر تحقيق آنوبانيني، شيراز با خاك يكسان شد و آرامگاه شاهچراغ نيز به كلي مخروبه گرديد. نويسنده تذكره دلگشا كه خود شاهد اين زلزله بوده است چنين مي‌‌نويسد: "گنبد بقعه شاهچراغ كه از غايت ارتفاع، آفتاب جهان تاب هر روز در نيم روز خود را در سايه آن كشيدي، به يك دفعه چنان بر زمين خورد كه زمين شكافته و در اعماق خاك فرو رفت... و آن عمارات عالي... تو گويي هميشه ويران بوده..."
پس از زلزله، قنديل اهدايي نادرشاه را فروختند و صرف بازسازي آرامگاه شاهچراغ كردند. در سال ???? ه. ق. به دستور فتحعلي شاه قاجار، حسينعلي ميرزا فرمانفرما، پيگير شد تا كف بقعه شاهچراغ را يك متر از سطح زمين بلندتر بسازد. اين كار صورت گرفت و به جاي استفاده از سنگ و ساروج، آن را از سنگ و آجر و گچ بنا كردند و در آخر ضريحي نقره اي بر قبر نصب كردند. در سال ???? ه. ق. بر اثر زلزله، گنبد آرامگاه شاهچراغ شكست و فرو ريخت. در همان سال محمد ناصر ظهيرالدوله آنرا نوسازي كرد. پس از آن بارها تغييرات ديگري در بقعه شاهچراغ صورت گرفته تا به شکل امروزي خود درآمده است.
تا زمان امير عضدالدوله ديلمي کسي از مدفن حضرت احمد ابن موسي (ع) اطلاعي نداشت و آنچه روي قبر را پوشانده بود تل گلي بيش به نظر نمي رسيد که در اطراف آن، خانه هاي متعدد ساخته و مسکن اهالي بود. از جمله پيرزني در پايين آن تل، خانه اي گلي داشت و در هر شب جمعه، ثلث آخر شب مي ديد چراغي در نهايت روشنايي در بالاي تل خاک مي درخشد و تا طلوع صبح روشن است، چند شب جمعه مراقب مي بود، روشنايي چراغ به همين کيفيت ادامه داشت با خود انديشيد شايد در اين مکان،مقبره يکي از امامزادگان يا اولياء الله باشد،بهتر آن است که امير عضدالدوله را بر اين امر آگاه نمايم،هنگام روز پيرزن به همين قصد به سراي امير عضدالدوله ديلمي رفت و کيفيت آنچه را ديده بود به عرض رسانيد.امير و حاضرين از بيانش در تعجب شدند.
درباريان که اين موضوع را باور نکرده بودند، هر کدام به سليقه خود چيزي بيان کردند. اما امير که مردي روشن ضمير بود و باطني پاک و خالي از غرض داشت فرمود:اولين شب جمعه شخصا به خانه پيرزن مي روم تا از موضوع آگاه شوم.چون شب جمعه فرا رسيد شاه به خانه پيرزن آمده و دور از خدم و حشم آنجا خوابيد و پيرزن را فرمود هر وقت چراغ روشن گرديد مرا بيدار کن .چون ثلث آخر شب شد پيرزن بر حسب معمول روشنايي پرنوري قوي تر از ديگر شب هاي جمعه مشاهده کرد و از شدت شعفي که به وي دست داده بود بر بالين امير عضدالدوله آمده و بي اختيار سه مرتبه فرياد زد: « شاه! چراغ».
امير بيدار شد و ناگهاني از خواب پريده و چشمش را متوجه سمتي نمود که پيرزن چراغ را به او نشان مي داد و چون علنا و آشکارا چشمش نور چراغ را ديد در شگفتي عجيب بماند و چون رو به سمت چراغ بر بالاي تل برآمد اثري از چراغ نديد و چون به پايين آمد باز نور چراغ با روشنايي زياد خود نمايي مي کرد،خلاصه اينکه امير شخصي را جهت کاوش در آن منطقه مامور مي کند و..... مقبره فرزند ارشد موسي بن جعفر(ع) حضرت شاهچراغ پيدا مي گردد و به دستور امير بر بالاي آن جايگاهي ساخته مي شود که تا امروز زيارتگاه عاشقان اهل بيت عصمت و طهارت مي باشد.
زيارتگاه شاهچراغ مهم شيعيان، از لحاظ توريسم مذهبي نيز شيراز را جزو نقاط مهم ايران قرار داده است به نحوي که همه ساله زائران بسياري براي زيارت مکان مقدس شاهچراغ به شيراز مسافرت مي نمايند.